از حالات روحى و فضايل معنوى حكيم ميرزا مهدى الهى قمشه‏اى اين بود كه در امور زندگى به خداوند توكل مى‏نمود و در سير تكامل به لطف و عنايت الهى اعتماد داشت و در عين حال، وظيفه خود را به بهترين نحو انجام مى‏داد و از تلاش و كوشش، دست برنمى‏داشت. همسرش گفته است: سالى ايشان به مكّه مشرف شده بود. مسافرت وى شش ماه به درازا كشيد. چندبار برايشان نامه نوشتيم كه امكان دارد دانشگاه تهران، حقوق شما را قطع كند. جواب فرمود: من شما را به حق سپرده‏ام نگران نباشيد، روزىِ ما دست آنها نيست:
بر الطاف ايزد توكل كنيد
به دل، خار هر غُصه را گُل كنيد
از او بايدت خواستن هر نياز
كز آن در، نگرديد نوميد باز
ز الطاف آن يار جان آفرين
كفى خاك گرديده جان آفرين!
آشناى عرشيان، ص 257